En la antesala de un gran partido, repasamos los jugadores que vistieron la camiseta de ambos equipos, camiseta manchester city muchos de ellos fueron grandes jugadores mundiales. Partido de vuelta en el Palogrande de Manizales, los blancos remontaron en un gran partido, ganando el encuentro por 3-1 con tantos de Jaime Castrillón, Fernando Uribe y Wilson Mena, Danny Aguilar descontó para los tolimenses. En dicho partido, estos fueron derrotados por los sudamericanos 4-2, quedando eliminados en los cuartos de final y finalizando séptimos en la tabla del torneo. En el Apertura 2005 Atlético Nacional llegó a su tercera final consecutiva en esta ocasión cobraría revancha y gana su octava estrella tras vencer a Independiente Santa Fe, equipo que llevaba mucho tiempo sin acceder a una final, en la ida Santa Fe y Nacional empataron 0-0 en El Campín de Bogotá y en la vuelta en Medellín, los verdolagas vencieron por 2-0 a los cardenales con goles de Carlos Alberto Díaz y Óscar Echeverry, dándole el 8° título a los Paisas. Así, se implementó el sistema de cuadrangulares semifinales, donde los ocho mejores equipos del semestre avanzaban a una etapa semifinal de dos grupos: El 1.º y el 2.º de la tabla son cabeza de grupo «A» y «B» respectivamente, para los 6 equipos restantes se realiza un sorteo para definir el grupo que le corresponde a cada equipo.
En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. Además de estos, también se lograron otros con Azteca, continuando con la marca de Home Run Azteca aunque ahora en su plataforma digital en el que además de transmitir 2 juegos semanales se añade una cobertura digital de 380 minutos semanales. En la final, Boca desperdició los 4 penales con una gran actuación de Juan Carlos Henao, haciendo que el conjunto manizalita gane la segunda Libertadores para Colombia. En la temporada 2011 se modificó el sistema de cuadrangulares semifinales por motivos de la Copa Mundial Sub-20 realizada en Colombia y la Copa América que se llevó a cabo en Argentina. En el Finalización Deportes Tolima dio la sorpresa y ganaría por penales la final al favorito Deportivo Cali, en la ida en Ibagué Deportes Tolima derrotaría al Deportivo Cali 2-0 con doblete del brasileño Rogerio Pereira y en el Pascual Guerrero de Cali los azucareros derrotaron al Deportes Tolima por 3-1 forzando el cobro de penales, donde el Deportes Tolima vencería por 4-2 consiguiendo así su primer título en Colombia.
En el Torneo Finalización 2002 el campeón sería Independiente Medellín después de 45 años, tras superar al sorprendente Deportivo Pasto. Para 2002 la Asamblea General de Clubes aprobó que se jugará el torneo profesional con 18 equipos, sumándole a los 16 actuales dos de los tres socios que en ese entonces se encontraban participando en el Campeonato de la Categoría Primera B. En el 2001 ese año el equipo Atlético Bucaramanga de la Primera A al que le correspondía descender se mantuvo en la misma. Las siguientes temporadas el equipo logró estar en los puestos altos de la tabla y en 2004-05 el Coruxo disputó, por primera vez en su historia, el playoff de ascenso a Segunda División B, aunque cayó eliminado frente al Real Oviedo con 2200 espectadores en O Vao. Desde 2006 el último equipo en la tabla de promedios de descenso (un cálculo basado en los rendimientos en puntos de los últimos tres torneos en Primera División) sigue descendiendo directamente a la Categoría Primera B siendo reemplazado por el campeón de ese torneo, camiseta borussia dortmund mientras el penúltimo en dicha tabla se debe enfrentar en un duelo de ida y vuelta al subcampeón de la Categoría Primera B para definir si permanece o no en la Primera División.
Pero el Deportivo Cali ganó su séptima estrella al vencer 4-0 en el global al equipo blanco de Manizales. En 2000 y 2001 el América de Cali logra el bicampeonato de la mano de Jaime de la Pava, en lo que serían los últimos torneos largos disputados hasta ahora. Partido de vuelta en el Pascual Guerrero el América vencería sin problemas al cuadro paisa por 3-1, Diego Álvarez Sánchez abriría el marcador para el Independiente Medellín, pero la «mechita» remontaría con goles de Adrián Ramos, Jaime Córdoba y autogol de Jamell Ramos. En el Finalización Deportivo Cali ganó su octavo título tras doblegar al recién ascendido y sorprendente Real Cartagena, en la ida en Cartagena de Indias el Deportivo Cali vencería de visitante por 2-0 a los cartageneros con doblete de Hugo Rodallega, y en la vuelta en el Pascual Guerrero de Cali los azucareros vencieron por 1-0 al Real Cartagena con anotación de Jaime Riveros terminando con un global de 3-0 para los caleños.