José Antonio Rodríguez Girona «Machuca» fue el primer entrenador de la temporada, después serían Juan Francisco Alcoy (de forma temporal) y Pep Balaguer. David Amaral empezó la temporada como entrenador pero dimitió a mitad de competición coincidiendo con la marcha de Miguel Torrecilla, en su lugar vino José Luis Montes pero sería destituido por los malos resultados, y Juan Francisco Alcoy tomó las riendas en las últimas jornadas. Paco Sánchez, Juanjo Díaz y José Carlos Trasante pasaron por el banquillo en esta temporada. Juan Francisco Alcoy arrancó la temporada en el banquillo manteniendo un buen equilibrio de puntos pero el juego no era nada vistoso y esto le costó el puesto en una decisión polémica. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. El equipo ganador se lleva el trofeo del mismo nombre. Se juega de nuevo en el grupo III de 2.ª B. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club, ambos a semejanza del histórico Cartagena FC para acercar el club a la ciudad de Cartagena.
Luis Oliver Albesa aterriza en Cartagena tras haber fracasado en su proyecto de ascender al Xerez CD a Primera División, y lo hace prometiendo el ascenso inmediato y formando una gran plantilla. La temporada 2007-2008 significa el declive del gran proyecto de ascenso gestado tres años antes. ↑ «Julián Álvarez, nuevo jugador del Atlético: firma hasta 2030». Marca. ↑ Diario El Coonfidencial (ed.). ↑ Redaccion (5 de marzo de 2024). «Diego Lugano y Matías Pérez visitaron las instalaciones de Durazno F.C. ↑ Redaccion (24 de enero de 2024). «Marcos Villano es el nuevo entrenador de Durazno F.C. ↑ «Futbol. (PARTE OFICIAL)». ↑ La LMP tiene a su primer campeón infantil. El resultado fue magnífico, el F. C. Cartagena arrasó en el grupo IV de 2.ª B y quedó campeón desplegando un fútbol de superior categoría, siendo un auténtico bloque y modelo a seguir de cómo hacer bien la cosas en esta categoría. Nota: Se destaca al Club Olimpia por ser el único equipo paraguayo en ser campeón de un título internacional.
Nota: Nombres y banderas de los equipos según la época. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División.
Con la derrota ante el Recreativo de Huelva por 1-0 en la jornada 41.ª el FC Cartagena se despidió matemáticamente a sus opciones de ascenso a Primera División, finalizando la campaña en quinto posición. Además, añadió que ninguno de los equipos estaban certificados para ascender a Primera División y que varios de los proyectos actuales se encontraban cerca de la quiebra, con peligro de desaparecer por falta de recursos y con la necesidad de cubrir un déficit financiero anual de más de 25 millones de pesos por club, en promedio, y que por tales motivos los clubes solicitaron la aprobación para utilizar el fondo de contingencia con el que contaba la división, camiseta seleccion portugal mismo que no era suficiente. En 1991 Colo-Colo ganó la Copa Libertadores y fue subcampeón mundial tras jugar la Copa Intercontinental, año en que la selección participó en el estreno de la Copa América Femenina. En la temporada 2006-2007 el FC Cartagena intenta seguir la estela del año anterior, el bloque de jugadores es el mismo, y se vuelve a intentar el ascenso de categoría pero sin éxito.