La RUECF intentó internacionalizarse realizando un partido internacional contra la Ligue de football association, uno de los miembros del CFI francés, atletico de madrid equipacion celebrado el 25 de mayo de 1913 en el Campo de Amute de Fuenterrabía. En dicho acuerdo se aprobó el principio de fusión de ambas entidades y la constitución provisional de cuatro federaciones regionales (este, oeste, norte y centro), cuyos delegados asistirían el 1 de septiembre de 1913 a la sede del Real Aero Club de España, en Madrid, a la asamblea constitutiva de una nueva entidad, fusión de las dos anteriores. Entre 1905 y 1913 no hubo ningún representante español afiliado a la FIFA. Según periodistas como Manuel Rosón, el revuelo posterior llegó a oídos del rey Alfonso XIII que habría llamado a Juan Padrós, presidente de la Federación, para interesarse por el asunto y pedirle que arreglase la situación antes de que ésta llegase a mayores, y también llevaría al presidente de la FIFA, el inglés Daniel Burley Woolfall a contactar con Carlos Padrós, referencia del fútbol español y expresidente del Madrid F.C., para pedirle explicaciones sobre estas nuevas federaciones. Los días 1 y 2 de septiembre, tal y como estaba previsto, se lleva a cabo en el Real Aero Club de España la asamblea constitutiva de la nueva federación, siendo elegido como nombre «Real Federación Española de Football» y otorgando la presidencia de honor al rey Alfonso XIII.
Durante dicha asamblea se hizo constar en acta que se trataba de la asamblea constitutiva de una nueva federación completamente distinta a la RFECF y la RUECF. Pese a que el fútbol español estaba profesionalizado desde el nacimiento de la competición, no fue hasta la temporada 1984-85 cuando la Primera División Española entró en una nueva reestructuración. Alejandro Aguilar Reyes Fray Nano y Ernesto Carmona Verduzco siguieron con su arduo trabajo para la fundación de la Liga Mexicana, y una vez establecidos los reglamentos, Alejandro Aguilar Reyes quedó como presidente, además de ser propietario del famoso Parque Franco Inglés, era titular de la Asociación de Ampayers, periodista, y en algunas ocasiones se ponía los arreos para cantar bolas y strikes, o bien, auxiliar en las bases. Bajo el significativo cambio de logo, la marca modifica todos sus silos en busca de mejorar lo que ya era muy bueno y seguir creciendo gracias al feedback de sus profesionales. Pese a ello, el organismo forma parte de la RFEF aunque con autonomía jurídica y está conformado por todos los clubes de Primera y Segunda División, las consideradas ligas profesionales de España. En 1990, debido a la Ley 10/1990 del Deporte, de 15 de octubre de 1990, se obligó a casi todos los clubes profesionales de Primera y Segunda división a convertirse en sociedad anónima deportiva.
El 29 de noviembre de 1912, los clubes disidentes fundaron la «Unión Española de Clubs de Football» (UECF) en San Sebastián. El 15 de febrero de 1913, el rey Alfonso XIII aceptó la presidencia de honor de la UECF y le concedió el título de Real. Tanto la Federación Española de Clubs (FECF) como la Unión Española de Clubs (UECF), trataron de convertirse en los representantes del balompié español. Durante su sexto mandato (2008-2012), la Federación Española y la Federación Portuguesa, presentaron una candidatura conjunta ibérica para albergar la fase final de la Copa Mundial de 2018, siendo finalmente la candidatura rusa la elegida tras una controvertida votación. Gobierno de la Nación a través del Consejo Superior de Deportes, instó a la RFEF a cumplir una Orden Ministerial del 6 de diciembre de 2007, que obligaba a convocar elecciones antes del verano de 2008 a todas aquellas federaciones que no hubiesen logrado la clasificación para los Juegos Olímpicos de Pekín. En el transcurso de su octavo mandato (2016-2020), Villar ingresó en prisión al estar implicado en varios casos de corrupción junto a su hijo Gorka y Juan Padrón, el 20 de julio de 2017. El 21 de diciembre de 2017, el Tribunal Administrativo del Deporte (TAD), destituyó a Villar del cargo de presidente federativo, camiseta azul atletico de madrid al considerar probada su falta de neutralidad en unas elecciones celebradas unos meses antes.
El 26 de abril de 2013 fue sucedido en el cargo por Javier Tebas, que fue el único candidato que se presentó a las elecciones en el siguiente mandato. Sin embargo, el 3 de marzo de 2008 la asamblea de la RFEF, avalando la postura del presidente Villar, decidió mantener la fecha de los comicios a la presidencia previstos para noviembre de ese año, cuando expiraban los cuatro años del mandato. En una situación similar a la que había pasado tres años antes, estos equipos organizaron su propio Campeonato de España en 1913, de forma paralela al que la Federación organizó ese año. Cada país recibió hasta cuatro participantes, aunque no más de un tercio del número de equipos en la división superior de ese país, redondeados hacia abajo, dependiendo de la fortaleza de su liga, estructura de la liga (profesionalismo), comerciabilidad, estado financiero y otros criterios establecidos por el comité AFC Pro-League. Además, debido a esta misma ley, los clubes filiales eran asimilados por los clubes profesionales, quedando integrados en su estructura.