Nómina campeona Torneo Apertura 2012 : Camilo Vargas, Sergio Otálvaro, Julián Quiñones, Francisco Meza, Luis Carlos Arias, Yulián Anchico, Daniel Torres, Juan Daniel Roa, Omar Pérez, Jonathan Copete, Diego Cabrera, Juan Manuel Leyton, Germán Centurión, Héctor Urrego, Hugo Alejandro Acosta, Gerardo Bedoya, Edwin Cardona, Mario Gómez, Óscar Rodas, Mateo Biojo, Alejandro Miguel Galindo, Héctor Salgado, Martín Aguirre, Didier Moreno, Juan Guillermo Vélez, Jorge Luis Ramos, Cristian Camilo Álvarez, Bryan Alberto Rebellón, Robert Jiménez, Andrés Angulo, camiseta terra mitica valencia Juan Guillermo Pedroza y Juan Sebastián Hernández. Nómina campeona de la Superliga de Colombia 2013: Camilo Vargas, Juan Daniel Roa, Carlos Valdés, Francisco Meza, Yulian Anchico, Luis Carlos Arias, Daniel Torres, Jhon Valencia, Omar Pérez, Wilder Medina, Cristian Martínez Borja. Nómina campeona del Torneo Finalización 2014: Camilo Vargas, Yulian Anchico, Yerry Mina, Francisco Javier Meza, Dairon Mosquera, Luis Carlos Arias, Daniel Torres, Juan Daniel Roa, Omar Pérez, Wilson Morelo, Jefferson Cuero, Róbinson Rufay Zapata, Yair Arrechea, Armando Vargas, Ricardo Villarraga, Luis Manuel Seijas, Michael Rangel, José Julián de la Cuesta, Wilder Medina, Darío Rodríguez, Sebastián Salazar, Jhon Fredy Miranda, David Ferreira, Héctor Antonio Urrego, Juan Guillermo Pedroza y Libis Arenas. Pero las anotaciones de Francisco Meza y Wilson Morelo, lograron que en Medellín, de nuevo, se hiciera historia al quedar un resultado 2 a 1 a favor de los leones.
Nómina campeona de la Copa Sudamericana 2015: Róbinson Rufay Zapata, Yulián Anchico, Yerry Mina, Francisco Meza, Leyvin Balanta, Baldomero Perlaza, Yeison Gordillo, Juan Daniel Roa, Luis Manuel Seijas, Wilson Morelo, Daniel Angulo, Leandro Castellanos, Harold Cummings, Sergio Otálvaro, Sebastián Salazar, Almir de Jesús Soto, Darío Rodríguez, Omar Pérez, Miguel Borja, Yilmar Mosquera, Héctor Antonio Urrego, Dairon Mosquera, Yair Arrechea, Carlos Enrique Valdés, Armando Vargas, Jordy Monroy, Ricardo Villarraga, Yair Arboleda, Juan Manuel Leyton y Luis Quiñones. Omar Pérez, no se había podido recuperar completamente de una lesión de la rodilla; y el equipo había perdido la final de la Copa Colombia frente a Junior de Barranquilla. En la final de la liga, el partido de ida durante los primeros 45 minutos fue dominado por Independiente Medellín en su primera parte, se imponía 1 – 0, el panorama para Santa Fe era oscuro pues adicionalmente Omar Pérez, el 10 cardenal salió obligadamente del campo para el segundo tiempo por una lesión en su talón izquierdo. Durante una fase regular de la liga, el equipo capitalino consigue quedar primero en la fase de grupos lo que le permitió disputar la fase de cuadrangulares semifinales con la ventaja del punto invisible. Terminó la temporada anotando 6 goles y participando en 35 de los 38 partidos de Liga, pero el interés de clubes de la Premier League con gran nivel económico hizo que el jugador manifestara públicamente al finalizar la temporada, a través de su representante, su deseo de abandonar el club.
Ante esta incertidumbre, Vicente Sola se hace cargo de la presidencia del club. A pesar de los inconvenientes, el equipo viajó a Buenos Aires para disputar la ida de la final en el Estadio Tomas A. Ducó el 2 de diciembre de 2015. En un partido muy cerrado, Santa Fe consiguió un valioso empate 0-0 ante Huracán. En cuartos de final, Santa Fe enfrentó al club argentino Independiente, de Avellaneda, en el Gran Buenos Aires. ↑ «Miguel Miranda: “Que el hincha de Argentino esté tranquilo”». ↑ Manuel Barrero (11 de febrero de 2002). «Tebeosfera. Martín Nervo estrelló contra el horizontal el segundo cobro; Luis Manuel Seijas fue el segundo cobrador de Santa Fe y, tomando un gran riesgo, puso el balón al centro del arco: 2-0 a favor de Santa Fe. Sin embargo esto no se vio reflejado a lo largo del torneo, lo que llevó a la renuncia del técnico Néstor Otero después de caer como visitante 2-0 frente a América de Cali en la fecha 7. Tomó el control del equipo para las últimas 11 fechas un viejo conocido de las divisiones inferiores, nueva camiseta valencia Arturo Boyacá. En Avalancha se utilizó este mismo símbolo retocado, y en posteriores trabajos fue utilizado como imagen genérica de Héroes del Silencio.
El 19 de septiembre de 2011 el técnico Arturo Boyacá fue destituido de su cargo, según la dirigencia cardenal por los malos resultados obtenidos en las últimas fechas y al mal manejo que este le estaba dando al equipo. Para el segundo semestre del año, Arturo Boyacá fue ratificado en el banco de Santa Fe. En el segundo semestre del año, Santa Fe disputó la Copa Sudamericana 2015, en condiciones difíciles, ya que sufrieron lesiones importantes varios de los principales jugadores: el capitán, Omar Pérez en una rodilla, Sergio Otálvaro en una clavícula, y el más grave Dairon Mosquera, ruptura del tendón de Aquiles; además, en el curso del torneo, fue licenciado Luis Quiñones por indisciplina. Ya en el trámite del partido los locales se fueron en ventaja al minuto 25 de juego luego de un gol de tiro libre ejecutado por el juvenil Kévin Rendón sin embargo faltando dos minutos para finalizar la primera etapa y tras un cobro de tiro de esquina, fue el también juvenil Julián Quiñones el encargado de poner las tablas en el marcador a la espera de lo que pudiera suceder en el partido de vuelta.